Церковь в Сидозере появилась не случайно. Её уникальное посвящение — в честь ветхозаветного пророка Елисея, ученика пророка Илии — связано с тем, что храм строился на месте захоронения некоего монаха Елисея. Народное предание называло его иноком соседней Яблонской пустыни — небольшого монастыря, находившегося на Яблонском острове, посреди Свири — сейчас на этом месте плещутся воды Подпорожского водохранилища.
По преданию, в Смутное время, когда Яблонская пустынь была разорена поляками, Елисей бежал в леса на правобережье Свири и поселился на берегу Сидозера. Еще в конце XIX века местные жители показывали «монахову дорожку», которой Елисей ходил с Сидозера к своему разгромленному монастырю. Здесь же, на Сидозере, Елисей и умер.
На его могиле, на всхолмлении среди сосен, был поставлен большой крест. Елисеева могила с давних пор почиталась местными жителями. В 1870-х годах, в память прекращения эпидемии среди крестьянского скота, было установлено ежегодное празднование в день 14 июня — день памяти Пророка Елисея. Тогда же над могилой поставили деревянную часовню. С каждым годом количество паломников, приходивших на Сидозеро 14 июня, увеличивалось, и в конце XIX века встал вопрос о строительстве тут особой церкви.
Средств на строительство у окрестных крестьян не было. Однако в то время существовала налаженная схема финансирования подобного строительства на средства столичных меценатов. Запросы на сооружение церквей от прихожан, через духовные консистории стекались к широко известному на Севере петербургскому священнику, митрофорному протоиерею Гавриилу Марковичу Любимову, настоятелю дворцовой церкви в Ораниенбауме. Он-то и подыскивал благотворителей. Отец Гавриил умер осенью 1899 года, и сидозерский храм стал одним из последних, построенных при его содействии.
Средства на строительство на Сидозере дал санкт-петербургский купец 2-й гильдии Александр Семенович Андреев, торговавший «ленточным и кружевным товаром» в Перинной линии Гостиного двора. В то время ему было всего 30 лет, и вероятно, одним из стимулов помочь в строительстве церкви был ожидавший его за столь большой вклад орден Святой Анны III степени.
Работы были осуществлены быстро — в течении 1898-1899 годов. Председателем строительного комитета был избран начальник 2-й судоходной дистанции Мариинского водного пути Вытегорского округа путей сообщения, коллежский асессор Василий Александрович Новожилов. Сам Новожилов жил неподалеку, в Мятусово, и в сидозерской округе его хорошо знали.
Храм в Сидозере выгодно отличался от многих других, также выстроенных на средства благотворителей. Купец Андреев не пожалел денег для строительства, по богатству декоративной отделки, качеству выполнения деталей храм можно поставить наравне со столичными постройками.
В день освящения даже митрополит Назарий, многое видевший на своем веку, похвалил сидозерскую церковь. По всей видимости, проект храма был составлен кем-то из петербургских архитекторов.
Деревня Сидозеро прекратила своё существование в 1960-х годах; обычай праздновать «Елисеев день» прекратился несколько раньше. Но несмотря на это, церковь Елисея Пророка по прежнему считалась достопримечательностью и важным объектом так называемого «Подпорожского Кольца». При этом она постепенно разрушалась и в списке подлежащих восстановлению культурных объектов, судя по всему, не значилась, т.к. специалисты никакой особой культурной ценности в ней не усматривали.
Координаты места, где раньше находилась церковь: 61.004261, 34.373684
Так бы она и стояла, но ее решили «спасти» и перевести в новое место, а именно в Верхние Мандроги. Это такой туристический объект, имитирующий настоящую русскую деревню.
